Flensburg wurde erst spät preußisch. Nach dem Deutsch-Dänischen Krieg von 1864 stand Schleswig zunächst unter gemeinsamer österreichisch-preußischer Verwaltung; endgültig zum Königreich Preußen gehörte die Stadt erst mit der Bildung der Provinz Schleswig-Holstein 1867, ab 1871 damit zum Deutschen Reich. Militärisch fiel sie in den Bezirk des IX. Armeekorps, dessen Generalkommando 1866 in Schleswig eingerichtet und 1871 nach Altona verlegt wurde. Eine eigene Militärkonvention brauchte es nicht: Schleswig-Holstein war annektierte preußische Provinz, das dort stehende Militär war preußisches Militär ohne Zwischenschicht. Innerhalb dieses Korpsbezirks bekam Flensburg mehr Gewicht, als seine Truppenstärke vermuten ließe. Die Stadt war Sitz des Kommandos der 18. Division, die von Oktober 1866 bis 1919 bestand und ihren Stab durchgehend hier hatte. Ebenfalls in Flensburg lag der Stab der 35. Infanterie-Brigade; die zweite Brigade der Division, die 36., stand in Rendsburg. Ein Divisionsstab in einer Stadt von zunächst gut 20.000, 1914 knapp 70.000 Einwohnern machte Flensburg zu einem militärischen Verwaltungsmittelpunkt des nördlichsten Preußen — die Truppe selbst war dagegen überschaubar.
Der Truppenkörper der Stadt war das Füsilier-Regiment Nr. 86. Es hatte 1867 die Provinzialbezeichnung „Schleswig-Holsteinisches" erhalten und verlegte nach dem Krieg gegen Frankreich im Juli 1871 nach Norden: Regimentsstab sowie I. und II. Bataillon nach Flensburg, das III. Bataillon nach Sonderburg auf Alsen. Diese Zweiteilung blieb bis zum Krieg bestehen — die zeitgenössischen Übersichten führen für Flensburg entsprechend nur zwei Infanteriebataillone. 1890 ernannte Wilhelm II. seine Frau Auguste Viktoria zum Regimentschef; seither trug der Verband den Namen „Königin" und auf den Achselstücken deren Namenszug statt der Nummer.
Untergebracht war das Regiment zunächst in der Duburg-Kaserne. Die Stadt hatte das Gelände am Fuß der abgetragenen mittelalterlichen Duburg 1869 erworben; gebaut wurde 1876/77 nach Plänen des Garnisonbauinspektors Bolte, bezogen ab 1877. Als der Platz nicht mehr reichte, errichtete Flensburg zwischen 1893 und 1897 eine zweite, städtisch finanzierte Kaserne am Junkerhohlweg, entworfen vom Stadtbaurat Otto Fielitz als dreigeschossiger gelber Backsteinbau des Historismus. Dort wurde 1909 auch die neu aufgestellte Maschinengewehr-Kompanie des Regiments einquartiert. Dass eine Kommune eine Kaserne aus eigener Kasse baute, war kein Altruismus: Garnisonen brachten Kaufkraft, und Städte konkurrierten um sie.
Ab 1901 legte sich eine zweite, ganz andere militärische Schicht über die Stadt. Die Kaiserliche Marine begann im Vorort Mürwik an der Förde mit dem Bau einer Torpedostation. Der Grund war praktisch: In der Kieler Förde behinderten starke Strömungen und der zunehmende Verkehr durch den Kaiser-Wilhelm-Kanal den Schießbetrieb, während die Flensburger Förde lange, störungsfreie Schussbahnen für die neuen Torpedomodelle mit größerer Reichweite bot. Am 21. Oktober 1902 wurde die Marinestation eröffnet. An der Förde entstanden zwei Kasernenbauten, die später die Namen Tirpitz-Kaserne und Maaß-Kaserne erhielten, dazu Exerzierhalle, Funkentelegrafiegebäude und eine neue Molenanlage.
Zur Torpedoschule gehörten fest stationierte Schulschiffe. Die alte Korvette „Blücher" hatte die Förde schon vorher regelmäßig zu Torpedoschießübungen aufgesucht und wurde am 31. Oktober 1902 dauerhaft nach Mürwik verlegt; 1907 explodierte auf ihr ein Kessel, 16 Menschen starben. Ersatz war bereits am 14. Oktober 1906 eingetroffen: das umgebaute Panzerschiff „Württemberg", dessen frei gewordene Barbetten zu Wohn- und Unterrichtsräumen umgestaltet wurden und das bis zur Außerdienststellung im Februar 1919 in dieser Rolle blieb. 1909 verlegte zudem die Schiffsjungendivision von Kiel in neu errichtete Gebäude der Torpedostation.
Erst danach kam die bekannteste Einrichtung hinzu. Die Marineschule Mürwik entstand ab 1907 nach Entwürfen des Baurats Adalbert Kelm, dem Wilhelm II. die Marienburg als Vorbild vorgab; der Lehrbetrieb begann am 3. Oktober 1910, die feierliche Einweihung durch den Kaiser folgte am 21. November 1910. Nötig geworden war der Neubau durch die Flottenrüstung seit dem Flottengesetz von 1898: Statt 70 bis 80 Seekadetten jährlich mussten nun rund 200 ausgebildet werden. In der Nachbarschaft entstanden der Marinewasserturm und das Marinelazarett Flensburg-Mürwik. Um 1910 lagen im Stützpunkt etwa 4.000 Soldaten. Die Marine war in Flensburg also nicht nur mit einer Schule vertreten — Torpedoschule, ständige Schulschiffe und die Schiffsjungendivision waren dauerhaft stationierte Verbände.
Diese militärische Verdichtung fand in einem national umstrittenen Gebiet statt. Nördlich von Flensburg stellte die dänischgesinnte Bevölkerung die Mehrheit, und der preußische Staat versuchte, sie mit Verwaltungsmitteln zurückzudrängen: 1888 wurde Deutsch bis auf vier Wochenstunden Religionsunterricht alleinige Unterrichtssprache; unter Oberpräsident Ernst Matthias von Köller (1897–1901) kam es zu Ausweisungen dänischer Staatsangehöriger. Ein Erfolg war das nicht — der dänische Bevölkerungsanteil blieb bis 1914 weitgehend stabil, der Konflikt verschärfte sich. Sichtbares Zeichen war der Umgang mit dem Idstedt-Löwen: Das 1862 auf dem Flensburger Alten Friedhof errichtete dänische Siegesdenkmal wurde nach 1864 demontiert und nach Berlin geschafft, wo es 1868 im Hof des Zeughauses aufgestellt wurde. Zurück nach Flensburg kam es erst 2011.
Am 2. August 1914 mobilisierte das Füsilier-Regiment 86 und stand danach den ganzen Krieg über an der Westfront; seine Verlustliste nennt 104 Offiziere sowie 3.899 Unteroffiziere und Mannschaften. In Flensburg wurde zugleich das Reserve-Infanterie-Regiment Nr. 86 aufgestellt, das der 18. Reserve-Division im IX. Reserve-Korps zugeteilt wurde — eine reine Kriegsformation, die nicht zur Friedensgliederung gehörte. In Mürwik ruhte der reguläre Lehrbetrieb der Marineschule, die Seekadetten gingen zur Flotte, in den frei gewordenen Räumen arbeitete eine Funkerschule; zwischen 1916 und 1918 wurden dort auch bulgarische Offiziere ausgebildet. Die Volksabstimmung von 1920 zog dann eine Grenze mitten durch den alten Regimentsbezirk: Sonderburg, jahrzehntelang Standort des III. Bataillons, kam zu Dänemark, Flensburg blieb deutsch.
Von den Heereskasernen ist wenig geblieben. Die Duburg-Kaserne wurde nach einem Beschluss von 1988 in den Jahren 1989/90 abgerissen; auf dem Gelände bezog 1994 das Arbeitsamt einen Neubau. Die Junkerhohlweg-Kaserne, nach dem Abzug der Bundeswehr um 1994 leer, wurde 1996/97 zu Wohnungen umgebaut und gilt seither als letzter unverfälscht erhaltener Kasernenbau des 19. Jahrhunderts in der Stadt; das zugehörige Zeughaus wurde 2006 bis 2009 saniert. In Mürwik ist die Kontinuität dagegen ungebrochen: Die Maaß-Kaserne wurde Anfang der 2000er Jahre zu einem Wohnhaus mit 15 Wohnungen umgebaut, die Tirpitz-Kaserne dient sanitätsdienstlichen Zwecken, und die Marineschule bildet nach Zwischennutzungen als Lazarett, Pädagogische Hochschule und Zollschule seit 1956 wieder Marineoffiziere aus.
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