Bernburg an der Saale war bis 1863 Regierungssitz des Herzogtums Anhalt-Bernburg. Mit dem Tod Alexander Carls erlosch die Bernburger Linie der Askanier, und die Stadt wurde Kreisstadt im vereinigten Herzogtum Anhalt, dessen Hauptstadt Dessau war. Der Verlust der Residenz bedeutete jedoch nicht den Verlust der Truppen: Bernburg blieb der zweite militärische Schwerpunkt des Landes und behielt seine Kasernen. Das ist der Ausgangspunkt für alles, was zwischen 1871 und 1918 folgte — eine Garnison ohne dazugehörigen Hof.
Militärisch war Anhalt nach 1866 kein eigenständiger Akteur mehr. Das Herzogtum schloss keinen eigenen Vertrag mit Preußen ab, sondern trat der preußisch-sachsen-weimarischen Militärkonvention vom 4. Februar 1867 nebst Protokoll vom 22. Februar 1867 bei. Das anhaltische Kontingent ging daraufhin als Anhaltisches Infanterie-Regiment Nr. 93 in der Preußischen Armee auf; die grüne Landesuniform wich dem blauen preußischen Waffenrock. Das Regiment gehörte zum IV. Armee-Korps mit Generalkommando in Magdeburg.
In Bernburg lag von 1867 an das II. Bataillon dieses Regiments. Der Regimentsstab und das I. Bataillon standen in Dessau, das 1867 neu aufgestellte III. (Füsilier-)Bataillon in Zerbst. Die Aufteilung war älter als die preußische Einreihung: Schon seit 1854 hatte das anhaltische Kontingent je ein Bataillon in Dessau und Bernburg sowie je eine Kompanie in Zerbst und Köthen unterhalten, und im napoleonischen Kontingent von 1807 waren zwei der fünf Kompanien in Bernburg stationiert gewesen. Bernburg war also über Jahrzehnte hinweg der zweite Standort des Landeskontingents.
Untergebracht waren die Soldaten zunächst in der Karlskaserne, die 1858 bis 1860 im neutudorschen Stil errichtet und nach Herzog Alexander Carl benannt worden war. Sie reichte für ein volles Bataillon bald nicht mehr aus. Ab 1885 entstand deshalb eine zweite Anlage, die am 1. April 1886 als Franzkaserne vom II. Bataillon des Regiments Nr. 93 bezogen wurde. Die 1887 geweihte neugotische Martinskirche in der Bergstadt diente bis 1918 zugleich als Garnisonkirche.
Im Herbst 1898 wurde das II. Bataillon von Bernburg nach Zerbst verlegt. Damit endete nach 31 Jahren die Verbindung zwischen der Stadt und dem anhaltischen Regiment; Nr. 93 lag von da an nur noch in Dessau und Zerbst. Die freigewordenen Bernburger Kasernen blieben nicht leer: 1899 rückte das II. Bataillon des Füsilier-Regiments "General-Feldmarschall Graf Blumenthal" (Magdeburgisches) Nr. 36 ein, dessen Stab in Halle an der Saale stand. Meyers Konversationslexikon führte Bernburg um 1900 ausdrücklich mit einem Infanteriebataillon des Regiments Nr. 36 als Garnison auf. Für die Jahre 1904 bis 1913 nennen Standortübersichten stattdessen das III. Bataillon des 4. Thüringischen Infanterie-Regiments Nr. 72, dessen Stab in Torgau lag; dieses Bataillon erhielt 1913 in Eilenburg einen eigenen Neubau und verließ Bernburg.
Für den Stand von 1914 verzeichnet die Friedensgliederung des IV. Armee-Korps in Bernburg das II. Bataillon des Füsilier-Regiments Nr. 36. Es gehörte zur 15. Infanterie-Brigade der 8. Division mit Sitz in Halle — derselben Brigade, der auch das anhaltische Regiment Nr. 93 unterstand. Damit lagen die anhaltischen Standorte Dessau und Zerbst und der anhaltische Standort Bernburg 1914 zwar in einem gemeinsamen Brigadeverband, aber mit verschiedenen Regimentern. Hier widersprechen sich die Quellen: Eine verbreitete Standortdatenbank setzt das Bataillon des Regiments Nr. 36 nur für 1899 bis 1904 an und lässt Bernburg zwischen 1913 und 1915 ohne Belegung. Dagegen sprechen die Friedensgliederung, die Nutzung der Martinskirche als Garnisonkirche bis 1918 und der Umstand, dass die Kasernen am Karlsplatz und in der Franzstraße erst 1918 geschlossen wurden.
Während des Ersten Weltkriegs war Bernburg zugleich Garnison- und Lazarettstadt, wie schon 1870/71. In den geräumten Kasernen arbeiteten Ersatzformationen, die Rekruten ausbildeten und an die Front abgaben; für die Jahre 1915 bis 1918 ist ein II. Ersatz-Bataillon Nr. 66 überliefert. Solche Ersatztruppenteile waren reine Kriegsformationen und gehörten nicht zur Friedensgliederung.
Bemerkenswert ist der Kontrast zwischen Garnison und Stadt. Seit der Eröffnung der Solvay-Werke 1883 und dem Beginn des Salzbergbaus 1884 wuchs Bernburg rasant: Die Einwohnerzahl stieg zwischen 1880 und 1890 von rund 18.000 auf etwa 34.000, womit Bernburg die größte Stadt Anhalts wurde — größer als die Residenz Dessau. 1902 kam mit dem Kurhaus noch der Betrieb als Solbad hinzu. Ein einzelnes Infanteriebataillon fiel in dieser Industrie- und Bergbaustadt wirtschaftlich kaum ins Gewicht; die Sodafabrik prägte den Ort stärker als die Kaserne. Dass die Truppen einer Stadtbevölkerung auch gegenüberstehen konnten, hatte 1849 der sogenannte Bernburger Bürgermord gezeigt, als anhaltische Soldaten auf Befehl in eine Menschenmenge vor dem Regierungsgebäude schossen und dreizehn Menschen töteten.
Nach 1918 verlor Bernburg seine Garnison infolge der Rüstungsbeschränkungen des Versailler Vertrags. Die Stadt erwarb 1919 die Karlskaserne und baute sie 1919 bis 1921 zum Rathaus um; heute ist das Gebäude Sitz der Kreisverwaltung, die frühere Reithalle wurde ebenfalls Verwaltungsbau. Ab dem 1. Januar 1924 war überhaupt kein Militär mehr in Bernburg stationiert, und in die Franz-Kaserne zog die anhaltische Landespolizei ein; das Gebäude in der Franzstraße dient bis heute der Polizei. Erst die Aufrüstung machte Bernburg 1935 wieder zur Garnisonstadt, nun mit einer neu gebauten Infanterie-Kaserne an der Ilberstedter Straße und einem Fliegerhorst bei Strenzfeld — Anlagen, die mit der Kaiserzeit nichts zu tun haben. Von 1945 bis zum 22. November 1990 lag schließlich eine sowjetische Garnison im Ortsteil Waldau.
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