Gotha war im Kaiserreich kein gewöhnlicher Garnisonsort, sondern eine von zwei Hauptstädten eines Staates, den es staatsrechtlich streng genommen doppelt gab. Aus der ernestinischen Erbteilung von 1826 war das Doppelherzogtum Sachsen-Coburg und Gotha hervorgegangen: zwei Herzogtümer mit eigenen Landtagen, eigenen Ministerialabteilungen und getrennten Finanzen, verbunden zunächst nur durch die Person des Herzogs. Die beiden Landesteile grenzten nicht einmal aneinander, zwischen ihnen lagen Sachsen-Meiningen und preußisches Gebiet. Der Hof zog zweimal im Jahr zwischen Schloss Friedenstein in Gotha und Schloss Ehrenburg in Coburg um. Erst das Staatsgrundgesetz von 1852 entwickelte die Personalunion zur Realunion fort und erklärte einige Sachgebiete für gemeinschaftlich – darunter das Militärwesen. Das Kontingent war damit eine der wenigen Klammern, die den thüringischen Norden und den fränkischen Süden des Landes tatsächlich zusammenhielten.
Vor 1866 stellte das Herzogtum dem Deutschen Bund ein Kontingent von 1366 Mann Infanterie, das das 2. Bataillon der Reservedivision des Bundesheeres bildete. Nach dem Anfall Gothas an die Coburger Linie wurden das gothaische und das coburgische Kontingent vereinigt; in Gotha stand ein Infanteriebataillon, in Coburg eine Jäger-Abteilung. 1855 wuchs das Kontingent auf zwei Bataillone zu je vier Kompanien. Schon Mitte des Jahrhunderts band sich Herzog Ernst II. militärisch an Berlin: Aus einer Konvention um 1850 ging ein Regiment mit einem Musketier-Bataillon in Gotha und einem Füsilier-Bataillon in Coburg hervor, und mit einer weiteren Militärkonvention Anfang der 1860er Jahre unterstellte Ernst II. seine Truppen faktisch preußischer Verfügung. Folgerichtig stand Sachsen-Coburg und Gotha 1866 auf preußischer Seite, was zur zeitweiligen Besetzung der Stadt Coburg durch bayerische Verbände führte.
Der entscheidende Schritt fiel 1867. Anders als Meiningen, Altenburg, die Schwarzburger und die Reußen, die der Militärkonvention Sachsen-Weimar-Eisenachs vom 4. Februar 1867 lediglich beitraten, schloss Sachsen-Coburg und Gotha einen eigenen Vertrag; die Übersicht der Konventionen nennt dafür den 6. Juni 1867, die Regimentsüberlieferung den 26. Juni 1867 als Tag, an dem die Führung auf Preußen überging. Am 15. September 1873 wurde die Konvention erneuert. Ihr Inhalt war für die kleinen Staaten überall derselbe: Die Ernennung der Offiziere ging auf den preußischen König beziehungsweise den Deutschen Kaiser über, die Truppenteile unterstanden preußischer Verwaltung. Reservatrechte nach dem Muster Bayerns, Württembergs oder Sachsens blieben dem Herzog nicht; was blieb, war repräsentativ – der letzte Herzog Carl Eduard führte im Ersten Weltkrieg die Stellung eines Regimentschefs des Infanterie-Regiments Nr. 95, ausdrücklich ohne aktives Kommando.
Am 1. Oktober 1867 entstand aus den Kontingenten von Coburg-Gotha und Sachsen-Meiningen das 6. Thüringische Infanterie-Regiment Nr. 95. Einen fürstlichen Beinamen trug es nie – die Bezeichnung „Großherzog von Sachsen“ gehörte zum benachbarten 5. Thüringischen Infanterie-Regiment Nr. 94 in Weimar, nicht zur 95. Der Regimentsstab und das I. Bataillon lagen in Gotha, das II. Bataillon im meiningischen Hildburghausen, das Füsilier- beziehungsweise III. Bataillon in Coburg. Ein einziges Regiment überspannte damit zwei Bundesstaaten und beide Hälften des Doppelherzogtums. Als Stiftungstag legte eine Allerhöchste Kabinettsorder vom 23. Oktober 1896 rückwirkend den 18. Februar 1807 fest, den Tag der Aufstellung des Rheinbund-Verbandes „Regiment der Herzöge von Sachsen“, dessen Hauptteil aus Gotha-Altenburg gekommen war.
Verwaltungsmäßig gehörte Gotha zum XI. Armee-Korps mit Generalkommando in Kassel; das Herzogtum bildete Teil von dessen Ersatzbezirk. Das Regiment stand zunächst in der 43. Infanterie-Brigade der 22. Division, nach Aufstellung der 38. Division am 1. April 1899 in deren 76. Infanterie-Brigade mit Sitz in Erfurt. Wie andere Kleinstaatenregimenter diente auch die 95 als Personalreservoir für den Ausbau des preußischen Heeres: 1881 gab sie ihre 7. Kompanie an das Infanterie-Regiment Nr. 97 ab, 1887 die 6. Kompanie an das Infanterie-Regiment Nr. 83, und das ab 1893 aufgestellte IV. Halbbataillon ging 1897 als volles Bataillon an das neu errichtete Infanterie-Regiment Nr. 167 im Elsass. Im Feld stand das Regiment 1870/71 gegen Frankreich und von 1914 bis 1918 überwiegend an der Westfront, zeitweise auch im Osten.
Untergebracht war die Gothaer Garnison in der Kaserne an der Bürgeraue, errichtet 1843 bis 1845 nach Plänen des Hofbaumeisters Gustav Eberhard. Die Straße Bürgeraue verläuft über einen zugeschütteten Festungsgraben und trägt ihren Namen nach dem Exerzierplatz, der vor der Kaserne lag; die heutige Gadollastraße hieß ursprünglich Kasernenstraße. Das Gebäude überstand alle Systemwechsel: Militär und Polizei nutzten es bis Anfang der 1980er Jahre, seither ist darin eine Kaufland-Filiale untergebracht, und es steht als Kulturdenkmal in der Denkmalliste der Stadt. Die heutige Friedenstein-Kaserne am südöstlichen Stadtrand geht dagegen erst auf Bauarbeiten ab 1934 zurück und hat mit der Garnison des Kaiserreichs nichts zu tun.
Das militärische Eigengewicht Gothas lag ohnehin weniger im Infanteriebataillon als in der Luftfahrt. Herzog Carl Eduard förderte die Pläne des Waggonfabrik-Direktors Albert Kandt; am 8. Juli 1910 wurde der Luftschiffhafen Gotha mit der Carl-Eduard-Luftschiffhalle eröffnet, am 1. April 1912 nahm dort die „Herzog Carl Eduard Herren-Fliegerschule“ den Betrieb auf, an der neben Privatleuten auch Offiziere ausgebildet wurden. Ab März 1914 baute die Heeresverwaltung unmittelbar neben der Gothaer Waggonfabrik einen reinen Militärflugplatz mit eigenem Flugfeld, Hangar und Fliegerkaserne; die Fliegerschule zog am 18. Februar 1915 dorthin um. Die Waggonfabrik selbst hatte 1913 mit dem Flugzeugbau begonnen. Ihre Großflugzeuge der G-Reihe, die als „Gothas“ bekannt wurden, flogen ab 1917 die ersten Bombenangriffe auf London. Die Flugzeugabteilung des Werks wuchs im Krieg von rund 130 auf etwa 1250 Beschäftigte, die Produktionsfläche von 6580 auf 21.790 Quadratmeter.
Das Ende kam schnell. Am 9. November 1918 erklärte der Gothaer Arbeiter- und Soldatenrat Herzog Carl Eduard für abgesetzt; seinen Thronverzicht für beide Herzogtümer verkündete Staatsminister Hans Barthold von Bassewitz am 14. November 1918 vor dem gemeinschaftlichen Landtag in Gotha. Stab und I. Bataillon des Regiments wurden am 16. und 17. Dezember 1918 in Gotha demobilisiert, das II. Bataillon in Hildburghausen, das III. in Coburg; aufgelöst wurde das Regiment im Januar 1919 in Coburg. Das Doppelherzogtum zerfiel in die Freistaaten Coburg und Sachsen-Gotha, die 1920 getrennte Wege gingen – Coburg nach Bayern, Gotha in das neue Land Thüringen.
Gotha war vor 1914 nicht allein Infanteriestandort. Am 8. Juli 1910 eröffnete der Luftschiffhafen mit der Carl-Eduard-Halle, im April 1912 kam die herzogliche Fliegerschule hinzu — beide zunächst in ziviler Hand. Militärisch belegt wurde der Platz im Frühjahr 1913: Die 3. Kompanie des Luftschiffer-Bataillons Nr. 4 bezog eigens errichtete Baracken am Luftschiffhafen, rund achtzig Mann samt Luftschiffertrupp. Ihre eigentliche Garnison war Lahr in Baden, doch die dort gebaute Halle nahm nur Prall-Luftschiffe auf, keine Zeppeline. Gotha blieb deshalb Ausweichquartier, bis der Kriegsausbruch die Kompanie ins Feld führte. Ab März 1914 legte die Heeresverwaltung unmittelbar neben der Gothaer Waggonfabrik einen eigenen Flugplatz mit Kaserne und Schule an; belegt wurde er am 18. Februar 1915, als die Flieger-Ersatz-Abteilung 3 aus Darmstadt-Griesheim herüberwechselte und bis Kriegsende in Gotha blieb. Die Waggonfabrik selbst lieferte ab 1917 die Großflugzeuge, die England anflogen.
In der Erinnerungskultur der Stadt hielt sich das Regiment noch eine Weile. Schon 1874 stand in Gotha ein von Ludwig Bohnstedt entworfenes Landes-Kriegerdenkmal für die Gefallenen von 1870/71, das zugleich als Regimentsdenkmal diente. 1927 weihte der „Verein ehemaliger Fünfundneunziger“ im Rosengarten unterhalb von Schloss Friedenstein ein sieben Meter hohes, 48 Tonnen schweres Gefallenendenkmal des Berliner Bildhauers Hans Dammann ein. 1946 ordnete die sowjetische Besatzungsmacht die Entfernung der Soldatenfigur und der Inschriften an, nach 1956 verschwand auch der Sockel. An seiner Stelle stand von 1967 bis 2011 ein Ehrenmal für antifaschistische Widerstandskämpfer. Seit 1991 erinnert im Schlosspark ein Gedenkstein mit dem Wahlspruch „fideliter et constanter“ an das Regiment.
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